Per visą Japonijos istoriją ji buvo santykinai izoliuota, tai yra jai, panašiai kaip Britanijai, praktiškai negrėsė intervencija iš žemyno. Santykinė izoliacija sąlygojo insularinį, t. y. būdingą salų gyventojams mentalitetą, pirmiausia savo ypatumo ir išskirtinumo suvokimą. Tačiau tai netrukdė japonams tiesiogiai arba per Korėją perimti iš kinų (o vėliau ir iš Vakarų) daug kultūros elementų, technologijas, kopijuoti jų politines institucijas. Kitas svarbus Japonijos istorijos bruožas yra tai kad dėl labai riboto ūkinei veiklai tinkamos teritorijos dydžio ir aukšto gyventojų tankumo Japonijai nuo seno buvo būdinga intensyvi ekonomikos plėtra ir kultūros artefaktų miniatiūrizacija. Japonijos civilizacija neretai vadinama smulkmenų civilizacija.
Pavadinimo etimologija
Lietuviškas pavadinimas „Japonija“ yra egzonimas ir japonų kalboje nevartojamas. Japoniškai šalis vadinama Nippon (にっぽん) ir Nihon (にほん), abiejuose variantuose naudojami tie patys hieroglifai - 日本. Japonijos vardas dažnai verčiamas kaip „Tekančios Saulės šalis“, yra kinų kilmės ir apibūdina Japonijos geografinę padėtį Azijos žemyno atžvilgiu. Žodis Nippon naudojamas oficialiausiais tikslais, įskaitant Japonijos valiutą, pašto ženklus, tuo tarpu Nihon naudojamas labiau kasdieninėje kalboje.
Prieš Japonijai užmezgant ryšius su Kinija, Japonija buvo žinoma kaip Va (Wa iš pradžių naudotas ženklas 倭, reiškiantis „neūžauga“, „nykštukas“. Vėliau buvo pakeistas į ženklą 和 – „taika“, „harmonija“) arba 'Jamato (Yamato, 大和 - „Kalnų kelias“ - pagal tarimą; „Didelė harmonija“ - pagal hieroglifus), Hi no moto („Saulės kilmė“) pavadinimais.